高等教育自学考试制度是个人自学、社会助学和国家考试相结合的国家考试制度。全国和各省、市、自治区分别成立有高等教育自学考试指导委员会及其办事机构，并由各省、市、自治区高等教育自学考试指导委员会指定有关全日制高等学校为主考单位（大部分是普通重点高校），向社会公布根据人才需要确定繁荣考试专业、必考和选考的课程、所用的教材和参考数目以及考试的时间安排等，然后定期举行考试。经考试一门课程合格，发给单科合格证书；规定课程全部合格，并通过品德鉴定，由省、市、自治区高等教育自学考试委员会和主考院校联合颁发大学本科或者专科毕业证书，也就是说毕业证书上有两个印章：自考委的印章和主考院校的印章。同时符合学时学位授予标准的本科毕业生，可以获得学士学位证书。毕业证书、学位证书获得者，国家承认其学历，并按国家规定享有与普通高等院校毕业生同等的待遇。
高等教育自学考试没有专门课堂教学环节，考生可以自学，然后参加考试；考生也可以参加社会上出现的一些专门为考生提供课堂教学的研修学院、专修学院等助学机构，其中大部分是民办高校。这些机构经过国家教育主管部门的批准后设立，以事业法人的身份参与社会助学。
对于其中办学信誉较高、办学条件较好的助学单位，经教育主管部门择优审定，授予国家学历文凭考试院校及办学资格。在该部分助学机构就读的考生，参加国家统一的高教自考大部分课程（三分之二），外加该助学单位经自考部门核准授权的个别课程合格后（三分之一），由省、市、自治区高等教育自学考试指导委员会和考生所在的助学单位联合颁发毕业、学位证，也就是说毕业证书上有两个印章：自考委的印章和该助学单位的印章。这一过程就是国家学历文凭考试。与高教自考一样，国家学历文凭考试的毕业证书获得者，按国家规定享有与普通高等院校毕业生同等的待遇。
自考的专业比文凭考试的专业要宽的多，而文凭考试还在实验阶段，专业范围还比较窄。
自考有本科，可以授予学士学位证书，而文凭考试现还未设本科专业。但是可以经高等教育自学考试专升本，考试成绩合格，取得高等教育自学考试毕业证书，国家承认大学本科学历、学位。