商丘医学高等专科学校设有临床医学院、护理学院、口腔医学院、医学技术学院、药学部、中医康复学院、健康管理学院等学院。 以下是具体列表的一览表，请作为参考。 如有变更，以学校最新发表为准。
1、教学机构
医学院
护理学院
口腔医学院
医学技术学院
基础医学教育系
公共学科教学部
思想政治理论教育系
体育教学部
药学部
中医康复学院
健康管理学院
2、商丘医学高等专科学校简介
商丘医学高等专科学校(上丘大学)位于河南省商丘市，是教育部批准设立的公办全日制普通(专科高校，国家首批现代学徒制试点单位，河南省省会优质) 010
学校前身为始建于1921年的“归德圣保罗医院护士学校”，先后创办“河南省第五护士学校”、“商丘地区卫生学校”等，2004年升格为医学高等专科学校，2015年被评为国家首批现代学徒制试点单位。 2020年8月被评为河南省高水平高等职业学校建设单位。