上海交通大学设有船舶海洋建筑工程学院、机械与动力工程学院、电子信息与电气工程学院、材料科学与工程学院、环境科学与工程学院、生物医学工程学院、航空航天学院、智能能源创新学院、溥渊未来技术学院、数学科学学院等学院。 以下是具体列表一览表，请作为参考。 如果有变更，以学校的最新发表为准。
1、工科
海洋建筑工程学院、机械与动力工程学院、电子信息与电气工程学院、材料科学与工程学院、环境科学与工程学院、生物医学工程学院、航空航天学院、智力创新学院、溥渊未来技术学院
2、理科
数学学院、物理天文学院、化工学院、致远学院、海洋学院
3、生命科学
生命科学技术学院、农业生物学院、医学院、药学部
4、人文社科
安泰经济管理学院、凯原法学院、外国语学院、人文学院、马克思主义学院、国际与公共事务学院、媒体与传播学院、设计学院、体育系、上海高级金融学院、教育学院
5、国际化办学
上海交大密歇根学院、巴黎优秀工程师学院、上海交大-南加州大学文化创意产业学院、中欧国际工商学院、中英国际低碳学院
6、研究院基础研究
系统生物医学研究院、自然科学研究院、海洋研究院、李政道研究所、中国法律与社会研究院、变革性分子前沿科学中心、张江高等研究院
7、研究院应用基础研究
能源研究院、空天科技研究院、汽车工程研究院、航空发动机研究院、燃气轮机研究院、上海智能制造研究院、医疗机器人研究院、医学影像先进技术研究院、人工智能研究院、三亚崖州湾深海科技研究院、元智机器人研究院
8、研究院综合交叉
bio-x研究院、med-x研究院、转化医学研究院、个性化医学研究院、董浩云航运物流研究院(中美物流研究院)、新农村发展研究院、碳中和发展研究院